患者が電子処方箋を選択した場合は、医師が診察の内容に基づいて電子処方箋を発行します。
もし、患者がマイナンバーカードを持っていない場合は、「引換番号」の発行が必要です。引換番号は、電子処方箋と一緒に発行される「処方内容（控え）」に記載されており、薬局が本人確認として使用します。

電子処方箋の内容を確認し、薬剤師が調剤を行います。この際、薬剤師は過去の調剤情報や医師の処方意図を確認できるため、より安全にかつ正確に薬剤の調剤が可能です。
また、重複投薬や禁忌併用等のチェック結果も参照できるため、薬剤師はこの結果も参考にしながら調剤を行います。

調剤が完了したら、薬剤師は調剤した薬剤の内容を電子処方箋管理サービスへ登録します。そして、調剤情報がオンライン上で共有されるため、医師は「薬剤が正しく調剤されているか」「処方した薬に誤りはないか」の確認が可能です。

患者には、マイナポータルや電子版お薬手帳アプリで確認できる旨を説明する必要があります。

なお、処方箋を調剤済みとして登録するには、ICカード「HPKIカード」が必要です。HPKIカードは、医師や薬剤師の資格を電子的に証明するためのカードであり、日本医師会電子認証センターで取得できます。